Category: медицина

Category was added automatically. Read all entries about "медицина".

осенняя мордочка

Intro to Statistics, Part 3

В прошлой серии были удивительные истории про мощность теста, то есть вероятность того, что годное лекарство будет-таки признано годным. Прежде чем говорить про то, как увеличить мощность, еще раз про то, почему ее так трудно измерить. Например, вот у вас есть чудо-лекарство от рака, такое, что без него выживаемость 0%, а с ним выживаемость 100% - конечно, любой, даже самый кривой, тест, опознает его как годное (то есть мощность теста будет 100%). Или вот у вас есть слабоэффективное лекарство от насморка, которое сокращает время недомогания на 20%. Вот тут уже мощность будет поганая, мало ли почему люди в ваших выборках (контрольной и подвергнутой лечению) могут выздороветь быстрее или не сообщить об оставшихся симптомах. И что, кто-то еще удивляется, почему врачи хорошо умеют лечить серьезные болезни и ни фига не могут вылечить от простого насморка?

То есть, еще раз, мощность теста нельзя посчитать как функцию только от метода тестирования и размера выборки. Она, собака, зависит от того, отличную идею мы тестируем или так себе. А мы этого не знаем, поэтому и тестируем. Замкнутый круг. И когда идея проваливается, нулевая не отвергается, мы не совсем понимаем, она провалилась от того, что идея была совсем негодной или она была годной, но слабенькой. Отсюда и все мучения.

Поэтому мощность теста можно повысить способами продуктивными: например, придумывать отличные идеи и идеально работающие лекарства, а плохоньких идей и плохоньких лекарств не придумывать. Только так люди не очень-то умеют. Еще можно придумывать новые и клевые тесты с повышенной мощностью, правильные дизайны экспериментов, способы учесть внешние, не относящиеся к делу эффекты. Только с этим у нас в науке тоже как-то так, мнэээ… но мы стараемся.

Еще мощность теста можно повысить, понизив порог, по достижении которого результат считается годным. Так иногда делают, когда выборка маленькая – начинают отвергать нулевую, когда p-value<0.1, даже если оно еще >0.05. Результат понятен – меньше годных лекарств режем, больше фуфломицинов благословляем. Тоже путь, но хотелось бы по-другому.

Ну и есть способ увеличить мощность методом грубой силы – набрать побольше выборку. Я слыхал от физиков, что у них есть правило пяти сигм – то есть p-value, при котором они все же отвергают нулевую, выражается в тысячных долях процента, они негодные идеи ошибочно годными почти не признают. Если они этим не зарезали себе всю мощность в ноль и тем не зарезали все свои гипотезы без исключения, кроме нулевой, то у них небось выборки по миллиону наблюдений. Так, понятно, могут не все: медикам для решающего теста нужны подопытные люди, а люди не электроны, их набирать в выборку дорого, да и жалко. А у экономистов другая проблема: данные стоят не то чтобы дорого, но есть только те данные, которые есть, выборку расширить обычно нельзя вообще – скажем, данные по котировкам российских акций есть только за последние 25 лет, ну вот не было в СССР акций. А в США эти данные покрывают последние лет 90, это считается очень дофига.

Так что приходится нам всем жить с научно одобренными фуфломицинами и зарезанными из-за не 100%ной мощности теста годными идеями. И это, заметьте, относится ко всем наукам, которые чуть сложнее починки часов и потому вынуждены учитывать, что в реале есть сотни факторов, которые невозможно полностью учесть и изолировать, а потому их влияние приходится моделировать как случайную везуху/невезуху.
осенняя мордочка

Intro to Statistics, Part 2

В прошлой серии у нас были две прискорбные ситуации, которые, тем не менее, у эмпириков возникают постоянно. В одной верная нулевая гипотеза отвергалась, и мы принимали негодную торговую стратегию или негодное лекарство (типа плацебо) за годное. Это, увы, неизбежно, само тестирование «на 5%ном уровне значимости» по определению означает, что такое будет происходить в 5% случаев, когда нулевая верна. Вторая ситуация была обратная: видно, что торговая стратегия или там лекарство годные, но либо выборка маленькая, либо данные кривоватые, и отвергнуть нулевую не получается. Вот в этом, втором, случае говорят, что у теста не хватает мощности. Силенок ему не хватает нулевую отвергнуть, даже если верна не нулевая, а альтернативная.

Поэтому введем понятие мощности. Это будет вероятность того, что нулевая отвергнется при условии, что альтернативная верна. То есть если мощность теста 60%, то он будет в 40% случаев объявлять годную стратегию/лекарство негодными. Англоязычные люди называют мощность power, а (1-power) называют false negative, а русскоязычные статистики говорят об ошибках первого и второго рода, и я их постоянно путаю, рода эти.

Так вот, вернемся к первой проблеме. Если отвергать нулевую при p-value<0.05, то 5% случаев, когда этого делать не стоило, дадут false positive, негодную вещь назовут годной. Кто уже догадался, почему данную проблему нельзя зарулить почти в ноль, объявив, что отвергать нулевую будем, только если p-value<0.0001? Правильно, у такого теста сразу сильно упадет мощность – у нас будет мало false positives, но овердофига false negatives. Или, если по-русски, тест, который зарежет все плацебо, также зарежет овердофига годных лекарств. И этот выбор всегда стоит и принципиально неустраним: если хочешь, чтобы негодные вещи не получали благословение науки, зарежешь также массу годных, на которых этого благословения не хватит. Если делать более высоким, труднопреодолимым порог значимости (уменьшая p-value, при котором отвергается нулевая гипотеза, и допуская, что в испытаниях может быть и просто бешеный, ураганный фарт, так что не надо быть легковерным) – то тогда понизится мощность теста, перестанешь принимать альтернативную гипотезу, когда надо бы.

Вообще мощность теста – это сильно потаенный параметр. О том, при каком p-value отвергаем нулевую, написано в каждой статье – правда, не написано, сколько раз автор пытался отвергнуть эту нулевую в пользу разных интересных альтернативных гипотез: если один, то «отвергаем при p-value<0.05» означает, что фартануть ему могло с вероятностью 5%, а если сто раз пытался – то вероятность фарта почти 100%.

А вот о мощности теста ни в одной статье не пишут – ее можно посчитать, но там надо предполагать много чего, от нормальности распределения всего подряд до того, насколько на самом деле оцениваемый параметр отличается от значения, предполагаемого нулевой гипотезой. А вот это «на самом деле» - это то, что мы не знаем и знать не можем, знали бы – и не оценивали бы ничего, и не тестировали бы. Но есть верная примета: если ученые мужи заговорили о мощности, то дело дрянь и даже еще хуже. Ничего там, значит, нормально не распределено, оценки поди смещенные, и сейчас ученые мужи начнут гонять левые симуляции, тасовать тыщу раз имеющуюся выборку (называется бутстрап) и принесут поганую оценку мощности. Например, 50% - а чтобы сразу было понятно, насколько это погано, простой арифметический пример.

Допустим, в некоей области науки за отчетный период ученые произвели 2000 негодных идей и 200 годных (это, кстати, еще довольно оптимистичное представление о научном процессе). Если нулевую отвергали, когда p-value<0.05, то 100 из 2000 негодных идей покажутся нам годными (например, 100 из 2000 фуфломицинов признают нормальными лекарствами и официально одобрят). Это неизбывная проблема значимости – мы не умеем тестировать гипотезы, кроме как предполагая, что слишком сильного везения не бывает вовсе. А если мощность нашего теста 50%, то из 200 годных препаратов мы зарежем 100. Итого в научных журналах будет в данном примере опубликовано 200 статистически значимых результатов – скажем, 100 везучих фуфломицинов и 100 годных лекарств (тоже везучих).

С одной стороны, можно заметить, что научный процесс идет: в исходной выборке непроверенных идей было 9%=200/(2000+200) годных, в опубликованных работах годных идей уже 50%. С другой стороны, очевидны издержки – чтобы этого добиться, зарубили 100 годных идей (скажем, 100 полезных лекарств). Ну и если тут читают верящие в непогрешимую науку, и от 50% фуфломицинов, полученных и одобренных научным методом, у них еще не взорвался мозг – заметим, что в отвергнутых наукой средствах находятся, среди прочего, вот эти 100 зарубленных, но годных лекарств. Там же, правда, находятся и 1900 верно зарубленных фуфломицинов – то есть в «ненаучных средствах» годных 5%=100/(100+1900).

А теперь дискотека, то есть репликации. Дотошные ученые мужи в нашем примере решили перепроверить все опубликованное на новых выборках. Из 100 фуфломицинов это пережили только 5 (которым все равно шибко повезло и во второй раз – редко, но бывает), а из годных лекарств – 50 из 100 (мощность 50% поганая штука, я же предупреждал). Теперь годных лекарств в перепроверенных результатах 91%=50/(5+50) – но в абсолютном выражении они снова несут потери, зарезали уже три четверти годных (скажем, лекарство от туберкулеза оставили, лекарство от рака зарезали – ну вот не фартануло). И процент годных «ненаучных средств» возрос – 150/(1995+150)=7%. Ну и вдобавок вышел скандал: почти три четверти, (95+50)/200 опубликованных результатов оказались невоспроизводимыми. И это, заметьте, безо всякого жульничества со стороны авторов, и криминального, и почти безобидного. И да, годных результатов опубликовали 50%, а воспроизводимость (в том числе при тестировании на себе) примерно 25% (точнее, 27.5%) – видите, какая дрянь эта мощность 50%.

О способах борьбы с этой дрянью будет рассказано в заключительной серии, а пока замечу, что способ исчисления доли годных ненаучных средств и научно одобренных фуфломицинов в предыдущем абзаце называется формулой отца Байеса, и для отработки навыков его применения можно почитать вот эту вот заметку про то, как в Силиконовой долине антитела к вирусу искали https://abetterscientist.wordpress.com/2020/04/19/why-i-dont-believe-that-2-5-4-of-people-in-santa-clara-county-have-had-covid19/
осенняя мордочка

Comments: Progress Addicts

Вот не надо мне тут этого вульгарного марксизма. Стоики были стоиками, чтобы пожить еще чуть-чуть, желательно с комфортом? Первые монахи 3-4 веков именно за этим молились Богу? Иов желал повкуснее поесть и быть здоровеньким?

Вся религия, искусство, философия, и все остальное, что делает нас людьми, а не чавкающими свиньями, это "сны о чем-то большем". Человек ищет истину, красоту, любовь, он не согласен пройти из небытия в небытие, он чувствует, что он - это больше, чем тушка.

Конечно, иногда человек может забыться в чавкании, процесс увлекательный, животная природа сильна. Раньше да, жизнь очень скоро давала ему по черепу и выводила его из самодовольного свинского состояния. Комфортный мирок прорывался, Первая Благородная Истина стучала в дверь неиллюзорной кувалдой.

Сейчас же увы, можно самозабвенно чавкать всю жизнь, а на искусство и религию сыто хрюкать. Технический прогресс, ети его.

"Наконец, подкравшись, я сумел коснуться корнем одной из свиней. Тотчас спала покрывавшая ее щетина, и предо мною предстал мой спутник Эльпенор, самый младший из нас, заурядный юноша, не отличившийся в битвах и не наделенный разумом. Он стоял передо мною прямо, в своем человечьем обличье. Но он не заключил меня в объятья, как я ожидал, и не ликовал, и не был счастлив. Нет, он стал упрекать меня, говоря: «Ты снова явился, злой нарушитель покоя? Ты снова хочешь нас мучить, подвергать наши тела опасностям и требовать решений от наших душ? Сладко быть тем, чем я был, валяться в грязи на солнышке, радоваться корму и пойлу, хрюкать и не ведать сомнений: так ли мне поступать или этак? Зачем ты пришел, зачем насильно возвращаешь меня к ненавистной прежней жизни?» Так упрекал он меня, плача и проклиная. Потом он пошел, напился допьяна и лег спать на крыше Цирцеина дома. Но остальные спутники – свиньи – вернулись и разбудили его своим хрюканьем и визгом. Ничего не соображая от опьянения и сна, полный смутной тоски, кинулся он к ним навстречу, но угодил мимо лестницы, упал с крыши и разбился насмерть. А он был единственный, кого мне удалось расколдовать.
Многое пришлось мне перенесть, но этот час был самым страшным. Сердце в моей груди стало тяжелым, оно оборвалось и упало, когда я понял: спутники бегут от меня, желая остаться свиньями и не возвращаться в человеческое обличье. Только одного я поймал и снова сделал человеком, – но как ненадолго и к чему это привело!
Черты Одиссея, пока он рассказывал, сделались старее, резче и суше."
(с) Фейхтвангер, "Одиссей и свиньи"


Раз уж речь зашла о буддистах: Первая Благородная Истина учит нас освобождаться от привязанностей, а не потакать им всячески в надежде их удовлетворить. Потому что вот морфий - он тоже уменьшает страдания, но если от всех горестей лечится морфием, то горести, может, и исчезнут, но начнутся другие горести, едва ли не большие.

Вот современная цивилизация занимается тем, что пускает прогресс по вене. И это привело к тому, что от ломки начали бунтовать уже не голодные и замучанные жестокими правителями, а посреди Европы взбунтовались сытые бюргеры, и был их бунт, поддержанный танками и люфтваффе, горше всех предыдущих.

И все текущие мелкие бунты, которые мы наблюдаем, если взять по уровню жизни, образования и медицинского обслуживания, - кому из 18ого века соответствуют жгущие машины в Париже и громящие городок Фергюссон? Уж небось не пролетариям, каким-нить купцам третьей гильдии. Часто ль бунтовали у нас купцы третьей гильдии, портили имущество и убивали государевых людей? Да не было почти такого позора.

А больше всего меня беспокоит то, что пускающим прогресс по вене каждый раз нужна все большая доза, а экономический рост в развитых странах уже на уровне конца 19ого века.

Проблема, конечно, не в превознесении науки - я и сам готов науку превозносить за воспитание в людях привычки к критическому мышлению и рассматриванию альтернативных гипотез. (Только так ее и в университетах мало преподают, а жаль).

Проблема в превознесении науки по принципу "мы стали более лучше одеваться" и самодовольству на основании этого. Дескать, раз стали "более лучше одеваться", то уж и мораль у нас самая лучшая, и религия больше ни к чему, и философия не нужна.

Виновато ли тут массовое производство и лично Генри Форд, алчная вобла, - частично да, "более лучше одеваться" мы стали во многом благодаря им. Но то, что мы не сумели этим новым богатством распорядиться, а повели себя как типичные нувориши, раздулись от самодовольства и опустились - это уж сами виноваты.
осенняя мордочка

Comments: Economics of Recessions

дело в том, что экономика как наука далеко не сводится к предсказанию или изучению кризисов. есть микроэкономика, игры, бухучет, маркетинг и куча других отраслей, для которых кризис в лучшем случае будет статистически важным наблюдением, а может, даже и таким не будет.

даже в макроэкономике и финансах, которые, казалось бы, напрямую связаны, есть намного более интересные и важные проблемы, чем вопрос "почему все обвалилось и как это можно было предсказать". хотя бы потому, что в кризисном режиме экономика проводит достаточно малое время, а есть много вещей, которые и в нормальном режиме непонятны.

не следует сравнивать экономистов с врачами. медицина по определению занимается организмами "в левом хвосте распределения" по здоровью. к счастью медиков, таковых в любое время дня и ночи достаточное количество.

кризисы же происходят редко и продолжаются недолго, да к тому же норовят либо происходить везде, либо не происходить нигде. так что никакой "экономики кризиса" у меня для вас нет, приходится считать экономику в состоянии кризиса частным случаем обычной. таков предмет.
осенняя мордочка

Smoke-Free Campus

Между моим домом и университетом стоит университетский госпиталь, окруженный будками, похожими на автобусные остановки. В эти будки, как в резервации, до последнего времени загоняли курильщиков, чтобы они курили только там. Однако этого администрации госпиталя оказалось мало, и она запретила курение. Совсем. Курить стало запрещено в госпитале, на прилегающей территории, на парковках, и даже в машинах, стоящих на парковках.
В первый же день, пробегая в университет вдоль кладбища, предусмотрительно к госпиталю притулившегося, я заметил трех бравых санитаров, которые распивали на тумбе у кладбищенской ограды. Санитары расположились со знанием дела, жмурились на солнышко и цинично выпускали дым в сторону покойничков, которым рак легких уже не грозит. Порядок, тем не менее, был соблюден – кладбище располагалось через дорогу от госпиталя.
Через несколько дней, в полном соответствии с первым законом вора, именуемого также законом Ломоносова-Лавуазье, все, что убавилось в госпитале, прибавилось на тротуарах вокруг него. Курильщики стояли вдоль госпиталя плотным кольцом и цинично выпускали дым в нос редким пешеходам. Полное соблюдение нового порядка подтверждало наличие в их рядах нескольких бравых ВОХРовцев. Поначалу сигаретный дым пробил меня на ностальгию по Родине, потом на раздражение и наконец на кашель.
Сегодня, в связи с теплой погодой, у ограды кладбища санитары устроили настоящий пикник. Народ нехило принес с собой, развалился на травке, благо в наших широтах в конце ноября это можно, и хором курил, непринужденно беседуя. Беды и гонения, принятые в небольших количествах, рождают дружество, это я давно заметил.
А еще я заметил, наслаждаясь видом курящих толп на травке, что если в Америке принять какой-нибудь дурной закон и попытаться поставить всех раком, то она тут же делается похожей на Россию. Любо-дорого посмотреть. Особенно с другого тротуара.
осенняя мордочка

Dentistry

Я вскоре после приезда купил себе зубную страховку. Пошел на днях ее эксплуатировать, то бишь пломбу ставить. Сижу. Выходит ко мне небритый паренек, килограмм на 60.
- Джон Мамун, - представляется.
Collapse )
осенняя мордочка

Wisdom Tooth

Алкаши тут еще те: я в субботу встал, щека опухла, звоню зубному:
Collapse )

Пошел я вечером того же дня к русской женщине по имени Арина, она тут на пятом этаже живет, вроде как в ординатуре на стоматологии учится. До этого она была в России стоматологом, долго, лет десять. Правда, потом вышла замуж за американца, и поэтому на жизнь смотрит уже немного оригинально.
Ну, я прихожу, говорю, зуб лезет, сейчас врежу дуба. Она мне в очередной раз сообщила, что здесь такие зубы рвут.
- Не чуди, - говорю, - "подруга дней суровых". Вспомни: березки, старая бормашина, районная поликлиника. Вспомнила? Чего с зубом делать?
Она расстрогалась, пошла, принесла горсть таблеток.
- Жри, болезный. Антибиотик, хороший.
- А не много?
- А еще про березки рассказывает. Жри давай.
Ну, я сожрал, и вроде отпустило. Хотя потом почему-то за двое следующих суток проспал 26 часов.
осенняя мордочка

Instructor

Я вот тут учусь, защищаю цвета Университета, рюхаю все. Скоро табличку такую повешу на дверь: "Рюхну всё". И ниже: "Не входить, рюхаю!". Хотя рюхать тут особо нечего.
Хотя вот слупы у нас читает довольно сообразительный дедок. Мы пришли, он говорит:
- Стар я стал, ребятки. Сердце, голова кружится и вообще "склероз, камни в
почках и геморрой размером с кулак". Если вы придете в следующий раз и найдете меня не у доски, а под ней, отнесите меня, пожалуйста, под простую канадскую березку. Или в медпункт. Хотя в медпункт даже лучше.
Дальше он нам рассказал, что читать будет, и в частности сказал:
- Midterm'а не будет. Это от лукавого. Будет экзамен в конце - на 75% от оценки. Остальное делится пополам между домашками, потому что вы их все равно списываете, и участием в работе нашего семинара.
Остановился, подумал.
- Фигню я несу какую-то. Короче, что на экзамене напишете, то и будет.
Отрадно слышать разумного человека.